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circRNA研究匯總 | 20200106-0112
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2020-01-13 | 870 次瀏覽 | 分享到:

歡迎各位來到“circRNA研究報道匯總”欄目,本期從pubmed中檢索收集最新發布的circRNA文獻共計26,下面我們一起來看看,circRNA研究最近有哪些新進展。

檢索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract] 



1、Kaposi肉瘤相關皰疹病毒編碼的circRNA在感染的腫瘤組織中表達并整合到病毒體中。


標題:Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus-Encoded circRNAs Are Expressed in Infected Tumor Tissues and Are Incorporated into Virions.

雜志:mBio

IF:6.747

通訊作者:Patrick S. Moore, Yuan Chang(美國馬里蘭州貝塞斯達國立衛生研究院國家過敏和傳染病研究所)


最近發現,Kaposi肉瘤相關皰疹病毒(KSHV)可從多個KSHV基因產生環狀RNA(circRNA),其中大部分來自K10(病毒干擾素調節因子4 [vIRF4]),K7.3和聚腺苷酸化核(PAN)RNA。該研究為了定義這些circRNA的表達,檢查了感染KSHV的細胞系,患者組織和純化的病毒粒子。在六種原發性滲出性淋巴瘤(PEL)細胞系的測試中普遍檢測到KSHV circRNA的表達,KSHV和 Epstein-Barr病毒雙重感染緊密潛伏的BC-1細胞中高表達,僅KSHV感染的BCBL-1個細胞中低水平表達。盡管病毒感染誘導線性vIRF4 RNA的激活,但是對應于特定KSHV環化位點(circ-vIRF4)的RNA卻被最小限度地誘導。原位雜交實驗結果顯示在未誘導的PEL細胞circ-vIRF4表達豐富。在感染KSHV分子克隆的BrK.219細胞中,通過核酸梯度純化出三種核酸酶保護形式的KSHV circRNA。其中,circ-vIRF4以去除內含子形式輸出到細胞質,并包裝進病毒顆粒,circ-vIRF4的半衰期是其線性對應物的半衰期的兩倍。通過在存檔組織中進行原位雜交實驗和在儲存25年以上的血清中進行逆轉錄PCR(RT-PCR),可以檢測到KSHV circRNA的速率高于其對應的線性對應物。總之,KSHV circRNA在感染相關疾病中表達,可以根據病毒的生命周期進行調節,并摻入病毒顆粒中進行預先遞送,提示其在早期感染中具有潛在功能。


圖注:KSHV circRNA包裝進病毒顆粒


2、CIRCexplorer3-CLEAR:直接比較環狀和線性RNA表達的分析流程。


標題:CIRCexplorer3-CLEAR: A Pipeline for Direct Comparison of Circular and Linear RNA Expression.

雜志:Genomics Proteomics & Bioinformatics

IF:6.597

通訊作者:楊力(中國科學院上海營養與健康研究所)


由于外顯子反向剪接產生的環狀RNA(circRNA)序列與從相同基因位點轉錄的同源線性RNA的序列完全重疊,但其反向剪接連接(BSJ)位點除外。因此,從RNA-seq數據集中檢查全局circRNA的表達通常依賴于跨BSJ位點的RNA-seq 片段(reads)的檢測,這與通過映射到整個參考基因組的歸一化RNA-seq片段對線性RNA表達的定量不同。因此,以全基因組方式直接比較來自同一基因位點的環狀和線性RNA表達仍然具有挑戰性。該研究中,研究者對先前報告的CIRCexplorer pipeline更新到版本3,以從消化核糖體RNA的RNA-seq(CIRCexplorer3-CLEAR)中進行circRNA和線性RNA表達分析。定義了一種新的定量參數,即每十億個堿基對的片段數(FPB),用于通過映射到circRNA特異性BSJ位點或線性RNA特異性剪接點(SJ)位點的片段分別評估環狀和線性RNA的表達。通過將FPBcirc除以FPBlinear來生成CIRCscore,可以直接比較圓形和線性RNA表達水平,該值使用線性RNA表達水平作為背景來表征相對circRNA的表達水平。CIRCexplorer3-CLEAR可以很容易地鑒定出具有線性RNA低表達背景的高表達同源circRNA,以進行進一步研究。CIRCexplorer3-CLEAR分析流程可從GitHub網站免費獲取:https://github.com/YangLab/CLEAR。


3、環狀RNA circ_001621海綿吸附miR-578后調節VEGF表達來促進骨肉瘤細胞增殖和遷移。


標題:Circular RNA circ_001621 promotes osteosarcoma cells proliferation and migration by sponging miR-578 and regulating VEGF expression.

雜志:Cell Death & Disease

IF:5.959

通訊作者:賀明(中國醫科大學附屬盛京醫院骨外科)


盡管血管內皮生長因子(VEGF)在骨肉瘤中分子機制研究方面已取得重要進展,但靶向VEGF依賴性骨肉瘤的策略還是很有限。該研究中,研究者通過circRNA微陣列技術發現circ_001621是顯著上調,且circ_001621高表達的骨肉瘤患者的生存時間較短。此外,通過在線數據庫分析發現了circ_001621的幾種潛在的海綿化miRNA。在候選的miRNA中,作者闡明了circ_001621和miR-578的關聯,并實驗觀測到circ_001621 / miR-578 / VEGF在體外和體內的相互作用。結果表明,circ_001621分別通過減弱miR-578對細胞周期蛋白依賴性激酶4(CDK4)和基質金屬肽酶9(MMP9)的抑制作用來促進骨肉瘤的增殖和遷移。進一步裸鼠實驗證明circ_001621促進骨肉瘤轉移。該研究評估了circ_001621增強骨肉瘤進展的機制,并為晚期骨肉瘤提供了新的治療靶標。


圖注:動物實驗結果表明circ_001621促進骨肉瘤轉移



參考文獻列表:

序號

主要內容

論文標題

雜志

IF

單位

1

Kaposi肉瘤相關皰疹病毒編碼的circRNA在感染的腫瘤組織中表達并整合到病毒體中。

Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus-Encoded circRNAs Are Expressed in Infected Tumor Tissues and Are Incorporated into Virions.

mBio

6.747

美國國立衛生研究院

2

CIRCexplorer3-CLEAR:可直接比較環狀和線性RNA表達的分析流程。

CIRCexplorer3-CLEAR: A Pipeline for Direct Comparison of Circular and Linear RNA Expression.

Genomics Proteomics Bioinformatics

6.597

中國科學院上海營養與健康研究所

3

環狀RNA circ_001621海綿吸附miR-578后調節VEGF表達來促進骨肉瘤細胞增殖和遷移。

Circular RNA circ_001621 promotes osteosarcoma cells proliferation and migration by sponging miR-578 and regulating VEGF expression.

Cell Death Dis

5.959

中國醫科大學附屬盛京醫院

4

CircNF1-419可改善AD類小鼠的腸道微生物組結構和功能。

CircNF1-419 improves the gut microbiome structure and function in AD-like mice.

Aging (Albany NY)

5.515

廣東省微生物研究所

5

長非編碼RNA 3通過靶向miR-128-3p在全反式維甲酸誘導的羊膜上皮細胞神經源性分化中增加神經元特異性基因的表達。

Long Non-coding RNA Maternally Expressed 3 Increases the Expression of Neuron-Specific Genes by Targeting miR-128-3p in All-Trans Retinoic Acid-Induced Neurogenic Differentiation From Amniotic Epithelial Cells.

Front Cell Dev Biol

5.206

濟寧醫學院等

6

胞外囊泡傳遞的環狀RNA has_circ_0000190抑制骨肉瘤的進展。

Extracellular nanovesicles-transmitted circular RNA has_circ_0000190 suppresses osteosarcoma progression.

J Cell Mol Med

4.658

中國醫學科學院腫瘤醫院

7

環狀RNA circVAPA通過海綿吸附miR-130a-5p調節乳腺癌細胞的遷移和侵襲。

Circular RNA circVAPA regulates breast cancer cell migration and invasion via sponging miR-130a-5p.

Epigenomics

4.404

南京中醫藥大學等

8

鑒定circRNA-miRNA網絡以探索乳腺癌的基本預后策略。

Identification of circRNA-miRNA networks for exploring an underlying prognosis strategy for breast cancer.

Epigenomics

4.404

南京醫科大學附屬第一醫院等

9

Docker4Circ:從RNA-Seq數據表征circRNA的可重復分析框架。

Docker4Circ: A Framework for the Reproducible Characterization of circRNAs from RNA-Seq Data.

Int J Mol Sci

4.183

意大利都靈大學

10

新型環狀RNA(hsa_circ_0000370)通過調節miR-1299和S100A7A,可提高細胞活力并抑制FLT3-ITD陽性急性髓性白血病細胞的凋亡。

A novel circular RNA (hsa_circ_0000370) increases cell viability and inhibits apoptosis of FLT3-ITD-positive acute myeloid leukemia cells by regulating miR-1299 and S100A7A.

Biomed Pharmacother

3.743

浙江大學醫學院附屬兒童醫院

11

大鼠脊髓損傷后環狀環狀RNA差異表達譜:時間和實驗分析。

Differential Circular RNA Expression Profiles Following Spinal Cord Injury in Rats: A Temporal and Experimental Analysis.

Front Neurosci

3.648

南通大學等

12

環狀RNA circ-EGLN3通過miR-1299介導的IRF7激活促進腎細胞癌的增殖和侵襲性。

Circular RNA circ-EGLN3 promotes renal cell carcinoma proliferation and aggressiveness via miR-1299-mediated IRF7 activation.

J Cell Biochem

3.448

齊齊哈爾醫科大學附屬第三醫院

13

綜述:環狀RNA HIPK3(circHIPK3)及其在癌癥進展中的調控。

The circular RNA HIPK3 (circHIPK3) and its regulation in cancer progression: Review.

Life Sci

3.448

江蘇大學附屬宜興醫院

14

circ_LARP4的上調可通過調節miR-513b-5p/LARP4軸來抑制卵巢癌細胞的增殖和遷移。

Up-regulation of circ_LARP4 suppresses cell proliferation and migration in ovarian cancer by regulating miR-513b-5p/LARP4 axis.

Cancer Cell Int

3.439

廣東省人民醫院

15

Circ-SOX4通過使miR-1270海綿化并調節PLAGL2激活WNT信號通路來驅動肺腺癌的發生和發展。

Circ-SOX4 drives the tumorigenesis and development of lung adenocarcinoma via sponging miR-1270 and modulating PLAGL2 to activate WNT signaling pathway.

Cancer Cell Int

3.439

吉林大學中日聯誼醫院

16

房顫患者心耳中環狀RNA的鑒定和表征。

Identification and characterization of circular RNAs in atrial appendage of patients with atrial fibrillation.

Exp Cell Res

3.329

上海長征醫院

17

瘢痕和正常皮膚成纖維細胞中環狀RNA的表達譜和生物信息學分析。

Expression profile and bioinformatics analyses of circular RNAs in keloid and normal dermal fibroblasts.

Exp Cell Res

3.329

南昌大學第二附屬醫院

18

楊樹木材形成過程中以適應低氮利用率的環狀RNA的鑒定和表征。

Identification and characterization of circular RNAs during wood formation of poplars in acclimation to low nitrogen availability.

Planta

3.06

中國林業科學研究院

19

環狀RNA的功能及其在胃癌中的潛在應用。

Functions of circular RNAs and their potential applications in gastric cancer.

Expert Rev Gastroenterol Hepatol

2.991

寧波大學醫學院

20

股骨頭壞死的骨髓干細胞中miRNA和circRNA異常表達和細胞功能發生改變。

Changed cellular functions and aberrantly expressed miRNAs and circRNAs in bone marrow stem cells in osteonecrosis of the femoral head.

Int J Mol Med

2.928

北京協和醫院

21

CDR1as / miRNA與肌肉發育和疾病相關的調控機制。

CDR1as/miRNAs-Related Regulatory Mechanisms in Muscle Development and Diseases.

Gene

2.638

四川農業大學

22

CircRNA CDR1as基因敲低通過調節miR-219a-5p / SOX5軸抑制非小細胞肺癌的進展。

CircRNA CDR1as knockdown inhibits progression of non-small-cell lung cancer by regulating miR-219a-5p/SOX5 axis.

Thorac Cancer

2.524

西安交通大學第一附屬醫院

23

胞外囊泡circ_SLC19A1通過miR-497 / septin 2途徑促進前列腺癌細胞的生長和侵襲。

Extracellular vesicle-derived circ_SLC19A1 promotes prostate cancer cell growth and invasion through the miR-497/septin 2 pathway.

Cell Biol Int

2.127

廣州醫科大學附屬第二醫院

24

Circ_0014130通過miR-142-5p / IGF-1軸參與非小細胞肺癌細胞的增殖和凋亡。

Circ_0014130 Participates in the Proliferation and Apoptosis of Nonsmall Cell Lung Cancer Cells via miR-142-5p/IGF-1 Axis.

Cancer Biother Radiopharm

1.894

蘇州大學附屬第三醫院

25

環狀RNA cSMARCA5通過充當microRNA432海綿調節宮頸癌的進展。

Circular RNA cSMARCA5 regulates the progression of cervical cancer by acting as a microRNA432 sponge.

Mol Med Rep

1.851

河北滄州市中心醫院

26

環狀RNA是II / III期結腸癌術后復發的強有力的預后標志。

A robust circular RNA-based prognostic signature for postoperative recurrence in stage II/III colon cancer.

AIMS Genet

Not Found

中山大學腫瘤防治中心

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